Jochen Müller ist seit Oktober 2020 Professor an der Humboldt-Universität zu Berlin und Leiter des Lehrbereichs Innenpolitik der Bundesrepublik Deutschland. In Forschung und Lehre befasst er sich unter anderem mit legislativem Verhalten, Regierungsbildung und dem Parteienwettbewerb. Der "Fall Deutschland" ist dabei häufig entweder Untersuchungsgegenstand oder Ausgangspunkt für vergleichende Arbeiten. Seine Forschung wurde unter anderem in Political Analysis, West European Politics und Regional Studies veröffentlicht.

Nach dem Studium der Verwaltungswissenschaft an der Universität Konstanz promovierte er 2013 an der Universität Potsdam. Während der Promotion war er zudem am Mannheimer Zentrum für Europäische Sozialforschung (MZES) und an der Carl von Ossietzky Universität Oldenburg tätig. Von 2013 bis 2015 war er Lecturer an der University of Essex und von 2015 bis 2020 Juniorprofessor für Politische Soziologie an der Universität Greifswald.